Le service des fréquences est le service de l'IBPT chargé de gérer le spectre radio-électrique belge. Cette mission comprend tant les attributions et coordinations journalières de fréquences pour le spectre belge que la politique à long terme en matière de plans de fréquences et de réajustements de fréquences. Le service veille aussi à l'application correcte des différents accords internationaux signés par la Belgique en ce qui concerne l'utilisation du spectre électromagnétique.
La majeure partie des dossiers d'assignation de fréquences est traitée dans le cadre de l'accord de Vienne (1993). Le service traite aussi bien les attributions exclusives de fréquences que les attributions communes, collectives et temporaires dans la bande 29.7 à 960 Mhz, pour le service fixe et le service mobile terrestre.
Les demandes peuvent provenir d'opérateurs (par exemple de trunking ou de GSM) ou d'utilisateurs individuels du spectre. Les demandes soumises à une licence, aussi bien publique que privée, passent d'abord par le service des licences avant d'être soumises à un examen technique approfondi par le service des fréquences.
Les coordinations avec les pays voisins sont assurées par la section administrative de la cellule de l'accord de Vienne.
Organisme fédéral, l'IBPT n'est pas compétent pour la planification des fréquences de diffusion. Cette mission incombe aux trois Communautés. Cependant, le service de gestion des fréquences traite les demandes courantes de coordination et veille à l'application des accords internationaux (accords de Genève 1975 et 1984, accord de Stockholm 1961, accord de Wiesbaden 1995, accord LEGBAC 1992, accord de Chester 1997). Ces accords ont trait à la radiodiffusion, à la télédiffusion, à la compatibilité entre diffusion FM et bande aéronautique, au TDAB (Terrestrial Digital Audio Broadcasting) et au DVB-T (Terrestrial Digital Video Broadcasting).
Les coordinations de fréquences pour liaisons par satellite (stations terriennes, réseaux,...) et faisceaux hertziens sont également traitées par le service des fréquences. Il s'agit des demandes pour satellites dans le cadre des articles du Règlement Radio et des dossiers provenant d'organismes de satellites (EUTELSAT, INTELSAT, INMARSAT).
Le service assure en outre la gestion des fréquences du service mobile maritime. Cela se fait également dans le cadre global de l'accord de Vienne, en application toutefois de règles spécifiques reprises dans l'accord de Bruxelles sur la navigation rhénane.
Le service assure aussi la représentation de l'IBPT auprès d'une série d'organismes internationaux tels que l'ARFA (OTAN), l'UIT-R (Union internationale des Télécommunications - radiocommunications), la CEPT/ERC (Conférence européenne des administrations des postes et télécommunications/European Radiocommunications Committee) et participe aux Conférences mondiales sur les radiocommunications.